1940年7月16日拂晓4时许，日军两艘航空母舰从外海直逼深沪湾。随后，又有6艘军舰、4艘登陆快艇、数十只橡皮小艇，鱼贯地从深沪湾入口处疾驶而来，同时，7架敌机从航空母舰上起飞，在永宁地区各村落轰炸扫射；军舰上的大炮也向周围村庄进行猛烈轰击。登陆的日军一路烧杀淫掠。
有十几个日兵窜入南门一林姓家中，将一位少女轮奸，少女受刺激而发疯，三天后惨死。有一位姓李的媳妇受辱后，愤而以口痛咬兽兵，竟被当场刺死。还有一群兽兵砸门冲进了一位20多岁的侨妇家中施暴，该侨妇虽然跪下求饶，仍免不了被轮奸。日军在梅林村，凡发现剃光头的青年，即以刀枪毙杀，连一个名叫蔡锹的疯子也不能幸免。在港边村，日军逢人便杀，协美号商行老板李本、李沐兄弟及其他7个村民，均被残酷杀害；浯沙村民陈佩和陈灶，金埭村民黄昭协，虽然外逃隐蔽在树丛中，也免不了被杀害。永宁街头，有位姓蔡的木工尸首挂在隘门上，脖子刈得快断了，满面被用刀乱戳，不能分清鼻、嘴、眼睛。永宁西门外林乌番被日军抓去剖腹，他倒在血泊之中。五脏流出，手里还抓着两把肠子。60多岁的洪阿情老大娘，以为年迈不必藏匿，被日军枪杀。80多岁、双目失明的李阿年，在家中被活活烧死。有的被捕杀后，还被扔进火中焚尸。
下午4时，日军搬运抢劫来的大批物资，撤回军舰上，退出深沪湾。此次日军洗劫的村庄达13个，烧毁各种船只300多艘，校舍3所，楼房、商店、仓库近百座，杀害80余人。